RESUMO
Abstract The aim of this study was to characterize phenotypically and genotypically 27 mecApositive Staphylococcus aureus strains with oxacillin MICs of ≤2 g/ml by Vitek 2, isolated indifferent regions of Uruguay. Susceptibility to oxacillin and cefoxitin was studied by gradient dif-fusion, disk diffusion to cefoxitin, and Phoenix and MicroScan systems. PBP2a was determined.SCCmec typing was performed and the isolates were compared by PFGE. Twenty-six isolateswere susceptible to oxacillin; one strain was susceptible to cefoxitin by disk diffusion and 3strains by gradient diffusion. Phoenix and MicroScan panels detected methicillin resistance in25 and 27 strains, respectively. Twenty-six strains tested positive for PBP2a. Twenty-six strainscarried SCCmec V and 24 belonged to pulsotype A. One strain carried SCCmec IV and did notbelong to pulsotype A. Cefoxitin disk diffusion test and PBP2a detection correctly identified 26of these 27 strains as MRSA. PFGE results suggest the dissemination of a cluster of MRSA carryingSCCmec V.
Resumen El objetivo de este estudio fue caracterizar fenotípicamente y genotípicamente 27 cepas de Staphylococcus aureus positivas para mecA y con CIM de oxacilina <2 pg/ml según Vitek 2, obtenidas en diferentes regiones del país. La sensibilidad frente a la oxacilina y la cefoxitina se estudió por difusión en gradiente, por disco-difusión (cefoxitina) y por los sistemas Phoenix y MicroScan. Se analizó la portación de PBP2a, se realizó la tipificación de SCCmec y las cepas se compararon mediante PFGE. Resultaron sensibles a oxacilina por difusión en gradiente 26 cepas; una fue sensible a cefoxitina por disco-difusión y 3 lo fueron por difusión en gradiente. Los sistemas Phoenix y MicroScan detectaron resistencia a meticilina en 25 y 27 cepas, respectivamente. Asimismo, 26 cepas portaban PBP2a y 26 cepas mostraron presencia de SCCmec V, 24 correspondieron al pulsotipo A. Una portaba SCCmec IV y no perteneció al pulsotipo A. La prueba de disco-difusión con cefoxitina y la detección de PBP2a identificaron 26 de 27 cepas como MRSA. La PFGE sugiere la diseminación de un grupo MRSA con SCCmec V. © 2022 Asociación Argentina de Microbiología. Publicado por Elsevier Espana, S.L.U. Este es un artículo Open Access bajo la licencia CC BY-NC-ND (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).
RESUMO
Resumen Los objetivos de este estudio fueron determinar el desempeño del panel BCID de FilmArray® y establecer el impacto de estos resultados en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con bacteriemia en 11 hospitales de Latinoamérica. Se incluyeron 397 episodios de bacteriemia y se documentaron 551 microorganismos aislados de hemocultivos. La identificación microbiana fue correcta en el 91,4% (504/551) de los aislados y en el 98,6% (504/511) si se consideran solo los microorganismos incluidos en el panel BCID. La sensibilidad en la detección de los genes mecA, vanA/B y blaKPC fue del 100% y la especificidad fue del 97%, 100% y 99,6% respectivamente. La notificación temprana del resultado permitió cambios terapéuticos en 242 episodios (60,9%). El panel BCID es un método confiable y rápido para la detección de mecanismos críticos de resistencia y de los microorganismos más frecuentemente aislados de bacteriemias y permite la optimización temprana del tratamiento antimicrobiano.
Abstract The objectives of this study were to determine the performance of the BCID panel and to establish the impact of these results on the antimicrobial treatment of patients with bacteremia in 11 hospitals in Latin America. Three hundred and ninety-seven episodes of bacteremia were included and 551 microorganisms isolated from blood cultures were documented. Microbial identification was correct in 91.4% (504/551) of the isolates and in 98.6% (504/511) if only the microorganisms included in the BCID panel are considered. The sensitivity in the detection of the genes mecA, vanA/B and blaKPC was 100% and the specificity was 97%, 100% and 99.6% respectively. Early notification of the outcome allowed therapeutic changes in 242 episodes (60.9%). The BCID panel is a reliable and rapid method for the detection of critical resistance mechanisms and of the microorganisms most frequently isolated from bacteremia and it enables early optimisation of antimicrobial treatment.
Resumo Os objetivos deste estudo foram determinar o desempenho do painel BCID do FilmArray® e estabelecer o impacto desses resultados no tratamento antimicrobiano de pacientes com bacteremia em 11 hospitais da América Latina. Trezentos e noventa e sete episódios de bacteremia foram incluídos e 551 microrganismos isolados de hemoculturas foram documentados. A identificação microbiana foi correta em 91,4% (504/551) dos isolados e em 98,6% (504/511) considerando apenas os microrganismos incluídos no painel BCID. A sensibilidade na detecção dos genes mecA, vanA/B e blaKPC foi de 100% e a especificidade foi de 97%, 100% e 99,6% respectivamente. A notificação precoce do desfecho permitiu mudanças terapêuticas em 242 episódios (60,9%). O painel BCID é um método confiável e rápido para a detecção de mecanismos críticos de resistência e dos microrganismos mais frequentemente isolados da bacteremia e permite a otimização precoce do tratamento antimicrobiano.
Assuntos
Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Análise Custo-Eficiência , Bacteriemia/diagnóstico , Hemocultura/métodos , Anti-Infecciosos/farmacologiaRESUMO
Resumen: Introducción: el inicio temprano de la antibioticoterapia adecuada en infecciones graves se asocia con reducción de la mortalidad. La identificación precoz del microorganismo es fundamental para realizar un tratamiento dirigido y disminuir la terapéutica inicial inapropiada. Objetivo: valorar la utilidad de una técnica de biología molecular por amplificación de ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de polimerasa en tiempo real para diagnóstico microbiológico temprano y adecuación de la antibioticoterapia en pacientes con neumonías graves. Metodología: estudio retrospectivo observacional llevado a cabo en la unidad de cuidados intensivos del Hospital Maciel. Se analizaron muestras respiratorias de pacientes con diagnóstico o sospecha de neumonía. Se compararon los resultados microbiológicos obtenidos por técnicas convencionales y por biología molecular multiplex (panel neumonía). Resultados: se incluyeron 53 muestras obtenidas de 51 pacientes. El multiplex detectó al menos un microorganismo en 38 (71,7%) muestras frente a 30 (56.6%) desarrollos en cultivos tradicionales. La mayoría de las muestras se obtuvieron bajo antibioticoterapia previa (86.8%). El panel neumonía mostró un porcentaje de concordancia positiva combinado de 100% y un porcentaje de concordancia negativa del 94% para la identificación bacteriana en comparación con los métodos microbiológicos tradicionales. En 27 (51%) casos el resultado del panel de neumonía determinó un cambio en la conducta terapéutica. Conclusiones: la técnica de PCR permite la identificación temprana de microorganismos causantes de neumonía optimizando la terapéutica empírica inicial y racionalizando el uso de antimicrobianos. Un panel negativo aleja el planteo de infección respiratoria a gérmenes habituales y permite considerar diagnósticos diferenciales en cuanto a foco y/o etiología.
Summary: Introduction: the early initiation of the adequate antibiotic therapy in severe infections is associated to a reduction in mortality. Early identification of the microorganism is essential to define directed therapy and decrease the initial inadequate treatment. Objective: to assess usefulness of a molecular biology technique by nucleic acid amplification through a polymerase chain reaction in real time for an early microbiological diagnosis and correction of the antibiotic therapy in patients with severe pneumonias. Method: retrospective, observational study conducted in the intensive care unit of Maciel Hospital. The respiratory samples of patients with a diagnosis of pneumonia or suspicious to have pneumonia were analyzed. The microbiological results obtained were compared using conventional techniques and multiplex molecular biology (pneumonia panel). Results: 53 samples obtained from 51 patients were included in the study. Multiplex detected at least one microorganism in 38 (71.7%) samples compared to 30 (56.6%) in traditional cultures. Most samples were obtained under the previous antibiotic therapy (86.8%). The pneumonia panel showed a combined positive agreement percentage of 100% and a negative agreement of 94% for the identification of bacteria when compared to the traditional microbiological methods. In 27 cases (51%) the pneumonia panel results determined changing the therapeutic behavior. Conclusions: the PCR technique allows for the early identification of microorganisms causing pneumonia, thus optimizing initial empirical therapy and rationalizing the use of antibiotics. A negative panel reduces the suspicion of a respiratory infection caused by the usual germs and enables considering differential diagnosis in terms of etiology or cause.
Resumo: Introdução: o início precoce da antibioticoterapia adequada em infecções graves está associado à redução da mortalidade. A identificação precoce do microrganismo é essencial para realizar o tratamento dirigido e reduzir o uso inicial inadequado de antimicrobianos. Objetivo: avaliar a utilidade de uma técnica de biologia molecular para amplificação de ácidos nucleicos por reação em cadeia da polimerase em tempo real para diagnóstico microbiológico precoce e adequação da antibioticoterapia em pacientes com pneumonia grave. Metodologia: estudo observacional retrospectivo realizado na unidade de terapia intensiva do Hospital Maciel. Amostras respiratórias de pacientes com diagnóstico ou suspeita de pneumonia foram analisadas. Os resultados microbiológicos obtidos por técnicas convencionais e por biologia molecular multiplex (painel de pneumonia) foram comparados. Resultados: foram incluídas 53 amostras obtidas de 51 pacientes. O multiplex detectou pelo menos um microrganismo em 38 (71,7%) amostras em comparação com 30 (56,6%) usando culturas tradicionais. A maioria das amostras foi obtida com antibioticoterapia prévia (86,8%). O painel de pneumonia mostrou uma concordância percentual positiva combinada de 100% e uma concordância percentual negativa de 94% para identificação bacteriana em comparação com métodos microbiológicos tradicionais. Em 27 (51%) casos, o resultado do painel de pneumonia determinou mudança no comportamento terapêutico. Conclusões: a técnica de PCR permite a identificação precoce de microrganismos causadores de pneumonia, otimizando a terapia empírica inicial e racionalizando o uso de antimicrobianos. Um painel negativo afasta a suspeita de infecção respiratória pelos germes usuais e permite considerar diagnósticos diferenciais em termos de foco e/ou etiologia.
Assuntos
Pneumonia/microbiologia , Pneumonia/tratamento farmacológico , Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex , Unidades de Terapia Intensiva , Pneumonia/diagnóstico , Cuidados CríticosRESUMO
Resumen: Introducción: un porcentaje de las infecciones del sistema nervioso central permanece sin diagnóstico etiológico. Las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real pueden disminuir este porcentaje. Objetivo: describir la etiología de las neuroinfecciones y valorar la utilidad de las técnicas de biología molecular en el diagnóstico y su impacto en el tratamiento antimicrobiano. Metodología: estudio observacional, descriptivo, retrospectivo a partir de registros clínicos. Se incluyeron mayores de 18 años asistidos en un hospital público de Montevideo durante un período de 32 meses, a quienes que se les realizaron técnicas de biología molecular en líquido cefalorraquídeo por sospecha clínica de neuroinfección. Resultados: se incluyeron 109 pacientes. En pacientes sin infección por VIH ni antecedentes neuroquirúrgicos (67%), se identificó microorganismo responsable en 16 casos, 8 bacterias y 9 virus. Todos identificados por técnicas de biología molecular modificando el tratamiento antimicrobiano empírico en 25 casos (34,2%). En portadores de VIH (25,7%), se detectaron microorganismos en 14 pacientes (50%). Seis virus, 5 bacterias y 7 hongos (Cryptococcus neoformans). El estudio por técnicas de biología molecular determinó el diagnóstico de 17 microorganismos y modificó el plan antimicrobiano inicial en 12 casos (42,9%). En pacientes con antecedente de neurocirugía reciente (7,3%), se aislaron seis microorganismos, tres de ellos exclusivamente mediante cultivo. Se modificó el tratamiento en tres casos (37,5%). Conclusiones: las técnicas de biología molecular deben considerarse complementarias. El impacto que generan en el diagnóstico y tratamiento justifica el uso de estas técnicas a pesar de su mayor costo.
Summary: Introduction: a certain percentage of infections of the central nervous system have no etiological diagnosis. Nucleic acids amplification techniques by means of a polymerase chain reaction in real time may reduce this percentage. Objective: to describe etiology of neuroinfectious diseases and assess the usefulness of molecular biology techniques in their diagnosis, as well as its impact on antimicrobial treatment. Method: observational, descriptive, retrospective study based on clinical records which included patients older than 18 years old, who had been assisted in a public hospital in Montevideo for over 32 months and had undergone molecular biology techniques with cerebrospinal fluid (CSF) given the clinical suspicion of neuroinfection. Results: 109 patients were included in the study. Among non-HIV infected patients who had not undergone neurosurgeries the responsible microorganism was identified in 16 cases (8 bacteria and 9 virus). They were all identified by molecular biology techniques by modifying the empiric antimicrobial therapy in 25 cases (34.2%). In carriers of HIV (25.7%), microorganisms were identified in 14 patients (50%). Six virus, 5 bacteria and 7 fungi (Cryptococcus neoformans). Molecular biology techniques defined the diagnosis of 17 microorganisms and modified the initial antimicrobial plan in 12 cases (42.9%). In patients with a history of recent neurosurgery (7.3%), 6 microorganisms were isolated, 3 of them exclusively through cultures. Treatment was modified in 3 cases (37.5%). Conclusions: molecular biology techniques need to be regarded as a complement. The impact that have in diagnosis and therapy justify their use despite its higher cost.
Resumo: Introdução: uma proporção das infecções do sistema nervoso central permanece sem diagnóstico etiológico. As técnicas de ampliação de ácidos nucléicos por reação em cadeia da polimerase em tempo real, podem diminuir esta proporção. Objetivo: descrever a etiologia das neuro infecções e avaliar a utilidade das técnicas de biologia molecular no diagnóstico e seu impacto no tratamento antimicrobiano. Metodologia: estudo observacional, descritivo, retrospectivo de prontuários de pacientes. Foram incluídos pacientes maiores de 18 anos, atendidos em um hospital público de Montevidéu, durante um período de 32 meses. Foram realizadas técnicas de biologia molecular ao líquido cefalorraquidiano por suspeita clínica de neuroinfecção. Resultados: foram incluídos 109 pacientes. Em pacientes sem infecção por VIH e sem antecedentes neurocirúrgicos (67%), o microrganismo responsável em 16 casos, sendo 8 bactérias e 9 vírus. Todos foram identificados por técnicas de biologia molecular modificando el tratamento antimicrobiano empírico em 25 casos (34,2%). Em portadores de VIH (25,7%), foram detectados microrganismos em 14 pacientes (50%). Seis vírus, 5 bactérias e 7 leveduras (Cryptococcus neoformans). O estudo por técnicas de biologia molecular permitiu o diagnóstico de 17 microrganismos e modificou o tratamento antimicrobiano inicial em 12 casos (42,9%). Em pacientes com antecedentes de neurocirurgia recente (7,3%), foram isolados 6 microrganismos, em 3 casos exclusivamente por cultura. O tratamento foi modificado em 3 casos (37,5%). Conclusões: as técnicas de biologia molecular devem ser consideradas como complementares. O impacto que causam sobre o diagnóstico e o tratamento justifica seu uso apesar de seu maior custo.
Assuntos
Humanos , Infecções do Sistema Nervoso Central/diagnóstico , Infecções do Sistema Nervoso Central/etiologia , Biologia Molecular/métodos , Anti-Infecciosos/uso terapêuticoRESUMO
Several studies have been conducted in recent years to elucidate the structure, function and significance of AcrB, MarA, SoxS and RamA in Salmonella enterica. In this study, the relative quantification of acrB, soxS, marA and ramA genes expression was evaluated in 14 strains of S. enterica, with or without accompanying mutations in the quinolone resistance-determining regions of the gyrA gene, that were exposed to ciprofloxacin during the exponential growth phase. The presence of ciprofloxacin during the log phase of bacterial growth activated the genes marA, soxS, ramA and acrB in all S. enterica strains analyzed in this study. The highest expression levels for acrB were observed in strains with gyrA mutation, and marA showed the highest expression in the strains without mutation. Considering only the strains with ciprofloxacin minimum inhibitory concentration values < 0.125 [1]g/mL (sensitive to ciprofloxacin), the most expressed gene in the strains both with and without mutations was acrB. In the strains with ciprofloxacin minimum inhibitory concentration values > 0.125 [1]g/mL (low susceptibility), with and without mutations in gyrA, the most expressed gene was marA. In this study, we observed that strains resistant to nalidixic acid may express genes associated with the efflux pump and the expression of the AcrAB-TolC pump genes seems to occur independently of mutations in gyrA.
Assuntos
Humanos , Proteínas de Bactérias/genética , Farmacorresistência Bacteriana/genética , Mutação/genética , Salmonella enterica/efeitos dos fármacos , Salmonella enterica/genética , Antibacterianos/farmacologia , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Ciprofloxacina/farmacologia , Regulação Bacteriana da Expressão Gênica , Genes Bacterianos/genética , Testes de Sensibilidade Microbiana , Proteínas de Membrana Transportadoras/genética , Proteínas de Membrana Transportadoras/metabolismo , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , RNA Bacteriano/genética , Transativadores/genética , Transativadores/metabolismoRESUMO
The objective of this study was to identify mutations in the Quinolone Resistance Determining sources Regions (QRDR) of the gyrA, gyrB, parC, and parE genes and to determine if any of the qnr variants or the aac(6')-Ib-cr variant were present in strains of Salmonella spp. isolated in Brazil. A total of 126 Salmonella spp. strains from epidemic (n = 114) and poultry (n = 12) origin were evaluated. One hundred and twelve strains (88.8%) were resistant to nalidixic acid (NAL) and 29 (23.01%) showed a reduced susceptibility to ciprofloxacin (Cip). The mutations identified were substitutions limited to the QRDR of the gyrA gene in the codons for Serine 83, Aspartate 87 and Alanine 131. The sensitivity to NAL seems to be a good phenotypic indication of distinguishing mutated and nonmutated strains in the QRDR, however the double mutation in gyrA did not cause resistance to ciprofloxacin. The qnrA1 and qnrB19 genes were detected, respectively, in one epidemic strain of S. Enteritidis and one strain of S. Corvallis of poultry origin. Despite previous detection of qnr genes in Brazil, this is the first report of qnr gene detection in Salmonella, and also the first detection of qnrB19 gene in this country. The results alert for the continuous monitoring of quinolone resistance determinants in order to minimize the emergence and selection of Salmonella spp. strains showing reduced susceptibility or resistance to quinolones.
Assuntos
Animais , Humanos , Antibacterianos/farmacologia , DNA Topoisomerases/genética , Farmacorresistência Bacteriana , Mutação , Quinolonas/farmacologia , Salmonella enterica/efeitos dos fármacos , Salmonella enterica/genética , Brasil , Testes de Sensibilidade Microbiana , Aves Domésticas , Salmonelose Animal/microbiologia , Infecções por Salmonella/microbiologiaRESUMO
La tuberculosis es una patología cuya incidencia mundial se ha incrementado sensiblemente en los últimos años.El cuadro clínico de sepsis severa y shock séptico puede serdesencadenado por cualquier microorganismo. Sin embargo, algunos de ellos, como el complejo micobacterium tuberculosum, solo excepcionalmente lo provocan, por lo cual su diagnóstico constituye un verdadero desafío para el equipo sanitario. Se presenta un caso clínico de una mujer de 23 años de edad,inmunocompetente, que cursando una gestación de 28 semanas ingresó a la unidad de terapia intensiva por un cuadro de insuficiencia respiratoria. Se realizo diagnóstico de shock séptico respiratorio bacteriémico debido a complejo Micobacterium tuberculosum y se confirmó la transmisión materno-fetaldel microorganismo. La enferma falleció a las 48 horas de la admisión con hipoxemia extrema y shock refractario.
Tuberculosis is a pathology that has evidenced a significant global increase in the last years. Severe sepsis and septic shock may be caused by anymicro-organism. However, some of them, such as the Micobacterium tuberculosum complex, only result inthese clinical symptoms exceptionally, and thus diagnosis constitutes a challenge for the health team. The study presents the case of a 23 year old immunocompetent female patient who was admitted into the Intensive Care Unit at 28 week of gestation due to a respiratory failure. The patient was diagnosed with bacteremia and septic shock caused by Micobacterium tuberculosis and mother-to-child transmission was confirmed. The patient died 48 hours after admission withhypoxemia and refractory shock.
A tuberculose é uma patologia cuja incidência mundial vem aumentando nos últimos anos. El quadro clínico de sepse severa e choque séptico pode ser desencadeado por qualquer microorganismo. No entanto alguns deles, como o Complexo Micobacteriumtuberculosum, excepcionalmente o provocam e por isso fazer seu diagnóstico é um verdadeiro desafiopara a equipe de saúde. Apresenta-se o caso clínico de uma mujer de 23 anosde idade, imunocompetente na 28ª semana de gravidez ingressou à Unidade de Terapia Intensiva por um quadro de insuficiência respiratória. Realizou-se diagnóstico de choque séptico respiratório bacteriêmico devidoao Complexo Micobacterium tuberculosis e a transmissão materno-fetal do microorganismo foi confirmada. A paciente faleceu 48 horas depois do ingresso com hipoxemia extrema e choque refratário.